La Contraloría General de la República detectó un perjuicio económico de S/ 13.5 millones en la Empresa de Generación Eléctrica del Sur (EGESUR) S.A. debido a que la entidad no obtuvo los permisos necesarios para el proyecto de las centrales hidroeléctricas Moquegua 1 y 3. Esta deficiencia llevó a la resolución del contrato con el consorcio encargado de la construcción y al pago de una indemnización millonaria.

El proyecto, valorado en S/ 373.2 millones y US$ 115 millones, contemplaba la construcción de dos hidroeléctricas en cascada. En el Informe de Auditoría de Cumplimiento n.° 004-2025-2-3905-AC, la Contraloría indicó que, aunque el contrato con el consorcio se suscribió el 18 de julio de 2019, EGESUR solo consiguió 4 de los 12 permisos requeridos. El plazo inicial para obtenerlos, de 180 días, venció el 6 de enero de 2020. Pese a una ampliación del plazo hasta el 31 de julio de 2020, los permisos no se obtuvieron. El contratista resolvió el contrato el 25 de junio de 2021 y un laudo arbitral falló a su favor.

La auditoría también reveló otros problemas, como que el proyecto se diseñó para un caudal de 3.3 m3/s, pero solo se dispone de 2.85 m3/s debido a que el Gobierno Regional y el Proyecto Pasto Grande no completaron las obras hídricas. Además, EGESUR no tiene la propiedad legal del 100% de los terrenos necesarios para la construcción.

Las concesiones definitivas para las centrales están en riesgo de caducar debido a que la «puesta en operación comercial» no comenzó. El OSINERGMIN alertó al MINEM sobre estos incumplimientos desde 2023.

El informe de la Contraloría establece presunta responsabilidad civil y/o administrativa contra cinco funcionarios de EGESUR, que ocuparon los cargos de gerente general, gerente de proyectos, jefe de asesoría legal y jefe de obras.